Aplikacija "StressKnowledgeMap" v pomoč žlahtniteljem na podnebne spremembe prilagojenega krompirja
Mlada kreativna ekipa z Nacionalnega inštituta za biologijo, ki jo vodi prof. dr. Kristina Gruden javnosti predstavlja inovativno aplikacijo "StressKnowledgeMap", ki bo v pomoč žlahtniteljem pri razvoju na vremenske ujme bolje prilagojenih sort krompirja.
V aplikaciji "StressKnowledgeMap" so raziskovalci NIB zbrali svetovno znanje o molekularnih mehanizmih odzivov rastlin na stres in ga uredili v kompleksne funkcijske mreže, kjer so povezali informacije o genih, ki sodelujejo pri odgovoru na stres, o mRNA in prevajanju mRNA v proteine, ki imajo funkcijo pri odzivu rastlin. Opisali so tudi povezave med temi elementi in drugimi regulatornimi mehanizmi. Na ta način so združili razpršeno znanje iz neštetih poskusov v aplikacijo "StressKnowledgeMap", ki omogoča računalniško modeliranje odziva rastlin na stres.
Uporabnikom je preko spletnega vmesnika omogočeno pregledovanje, raziskovanje, analiza in dodajanje novih podatkov ter tudi izvoz podatkov za potrebe vizualizacije in modeliranje. Znanstveniki lahko na ta način skupaj bogatijo zakladnico znanja, zbrano v "StressKnowledgeMap" (https://skm.nib.si).
Razvoj aplikacije poteka v okviru EU-Horizon 2020 ADAPT (Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt PoTato), katerga cilj je določiti nove molekulske tarče za vzgojo odpornih sort krompirja in obenem identificirati obstoječe sorte, ki so še posebej odporne na spreminjajoče se podnebne razmere, ter je razviti nove strategije, s katerimi bo krompir moč prilagoditi na zahtevne podnebne razmere v prihodnosti.
Predstavitev majhne podmnožice mreže znanja zbrane v StressKnowledgeMap. Z različnimi barvami so označene različne interakcije.
Ta projekt je prejel financiranje iz raziskovalnega in inovacijskega programa Evropske unije Obzorje 2020 v okviru sporazuma o donaciji št. GA 2020 862-858 in sredstva ARRS po sporazumih št. 1000-15-0105, št. Z7-1888 in št. J4-1777.