Vabilo na seminar dr. Klemna Čandka: "Citokrom C oksidaza 1 (COI) - vsestranski gen za raziskave biodiverzitete"

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite seminarja, za izvolitev v znanstveno raziskovalni naziv znanstveni sodelavec:

"Citokrom C oksidaza 1 (COI) - vsestranski gen za raziskave biodiverzitete"

ki ga bo predstavil

dr. Klemen Čandek.

Seminar bo v sredo, 20. aprila 2022, ob 13.30.

Potekal bo v živo v Biološkem središču, predavalnica B3.

Povzetek:

Gen, ki kodira Citokrom C oksidazo, podenoto 1 (COI), je ključen za pravilno delovanje aerobnega celičnega metabolizma, njegovo zaporedje pa raziskovalci s pridom aplicirajo na področja raziskav biodiverzitete, evolucije, populacijske genetike, biogeografije in širše. Morda najodmevnejši je koncept uporabe COI zaporedja kot črtne kode DNA (ČKD), ki ga je leta 2003 postavil Hebert in sod. Ta predvideva, da lahko kratko zaporedje COI primerjamo z referenčno knjižnico in identificiramo neznani organizem do vrstnega nivoja. V času vedno dostopnejšega sekvenciranja nove generacije, del zaporedja COI uporabljamo tudi za namene metabarkodiranja, kjer identificiramo vrste iz vzorcev, ki vsebujejo mešanico DNA večih organizmov. Gen COI je mitohondrijsko kodiran in se deduje po materini strani, zato je podvržen nekaterim potencialnim pomanjkljivostim, na katere je potrebno biti pozoren pri interpretaciji rezultatov. Slednje je pomembno predvsem pri izračunih sorodstvenih dreves, pri populacijski genetiki ali v biogeografiji, kjer COI zaporedja združujemo z zaporedji drugih, pogosto jedrnih genov. Pridobivanje zaporedja COI je preprosto in cenovno ugodno, predvsem pa so rezultati primerljivi z obsežnimi, javno dostopnimi bazami podatkov, kar tudi v času genomike ČKD ohranja kot pomemben pristop v temeljni in aplikativni znanosti.

V seminarju bo predstavljena vsestranskost uporabe zaporedja COI in argumenti glede zanesljivosti ČKD. Izpostavljeni bodo pomembni rezultati, do katerih lahko pridemo s smotrno uporabo preprostih genetskih informacij. Poudarek seminarja bo na lastnih raziskavah, ki so osredotočene na biodiverziteto in biogeografijo pajkov.

Vljudno vabljeni! Seminar bo potekal v slovenskem jeziku.

Dodatne informacije: Klemen Čandek, klemen.candek@nib.si.