Vabljeni na predavanje "SEEK: sistem za izmenjavo podatkov in modelov v sistemski biologiji"

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja "SEEK: sistem za izmenjavo podatkov in modelov v sistemski biologiji", ki ga bo predstavila dr. Olga Krebs, Scientific Databases and Visualization, HITS GmbH Heidelberg, Nemčija

Predavanje bo v torek, 6. novembra 2012 ob 15.30 v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B3

Povzetek predavanja:

Raziskave v sistemski biologiji potekajo v multidisciplinarnih skupinah, ki se pogosto združujejo v velike konzorcije, ki delujejo na različnih lokacijah. Podatki, ki nastajajo v takih projektih, pa so si med seboj pogosto zelo različni, saj so produkt različnih visokozmogljivih -omskih tehnologij. Zato narašča potreba po izmenjavi poskusnih podatkov, matematičnih modelov in znanstvenih protokolov med člani konzorcija. Rezultate poskusov, povezave med podatki in modeli je namreč potrebno ustrezno diseminirati.

SEEK je odprtokodna, spletna platforma za upravljanje in izmenjavo podatkov sistemske biologije ter iz njih izhajajočih modelov in procesov. Izvorno je bil SEEK vzpostavljen v okviru projekta SysMO-DB (sistemska biologija mikroorganizmov, http://www.sysmodb.org), danes pa je prenesen tudi med ostale evropske konzorcije kot so Virtual Liver in drugi. Osnovno vodilo platforme SEEK je t.i. JERM (Just Enough Results Model), model, ki z minimalnimi informacijami opisuje strukturo in vsebino podatkov ter povezave med njimi. Iz tega nastajajo t.i. predloge JERM, s katerimi sta izvoz in objava podatkov v javnih podatkovnih bazah poenostavljena. Dodatno smo razvili t.i. RightField (orodje za anotacijo razpredelnic), ki raziskovalcem olajša razvoj predlog za poskusne podatke z vgrajenimi semantičnimi opisi (http://www.sysmo-db.org/rightfield). Koda SEEK je prosto dostopna (http://code.google.com/p/sysmo-db/), kakor tudi predstavitvena verzija SEEK (https://demo.sysmo-db.org/).

Predavanje bo v angleškem jeziku.

Vljudno vabljeni!