Podjetje Applied Biosystems vstopa v novo dobo raziskav na področju bioloških ved z lansiranjem programa za določanja zaporedja v DNK naslednje generacije
SOLiD (TM) System naj bi postavil nove standarde za genetsko analizo
Letno srečanje društva American Society of Human Genetics 2007
VEČPREDSTAVNOSTNA VSEBINA NA VOLJO:
http://www.businesswire.com/cgi-bin/mmg.cgi?eid=5526654
SAN DIEGO, Kalifornija --(BUSINESS WIRE) �- 24. oktober, 2007�- Applied Biosystems (NYSE:ABI), podjetje pod okriljem Applera Corporation, je danes vstopilo v novo dobo raziskovanja na področju bioloških ved z objavo, da bo po vsem svetu komercialno na voljo SOLiD (TM) System, težko pričakovan program za določanje zaporedja DNK naslednje generacije. SOLiD System že omogoča nove načine izvajanja aplikacij genetske analize, ki bo morda lahko postavili nove standarde pristopov znanstvenikov do kompleksnih izzivov, povezanih z razumevanjem bioloških osnov za zdravje in bolezen. Podjetje je novico objavilo danes, na sedeminpetdesetem letnem srečanju društva American Society of Human Genetics.
Ta nova doba raziskav na področju bioloških ved zahteva tehnologije, ki lahko znanstvenikom pomagajo stroškovno učinkovito identificirati, kako genetske variacije in vzorci izražanja genov prispevajo k bolezni, in način, na katerega posamezni genotipi vplivajo na to, kako bi se ljudje lahko odzvali na različna zdravljenja. SOLiD System odlikujejo neprimerljiva proizvodnja, obvladljivost, točnost in fleksibilnost aplikacije, ki postavljajo nova pričakovanja odkritij raziskovalcem, ki stremijo k temu, da bi izvedli širok spekter aplikacij.
Podjetje je pričelo s programom zgodnjega dostopa za SOLiD System junija letos. Odtlej se je proizvodnja programa izboljšala za štirikrat, število prebranih nukleotidnih sekvenc pa povečalo za 40%. Trenutni sistem je zmožen poslati do 4 milijarde baz podatkov o zaporedjih na zagon, zaradi česar velja kot program za določanje zaporedja naslednje generacije z najvišjo proizvodnjo na voljo danes. Točnost podatkov, drugi kritični dejavnik, ki vpliva na učinkovitost same metode, ostaja na najvišjem nivoju točnosti med sistemi naslednje generacije. Rezultat višje proizvodnje in večje točnosti podatkov so nižji stroški za projekte določanja zaporedja. Kot del programa zgodnjega dostopa je podjetje Applied Biosystems tesno sodelovalo s strankami in sodelavci, da bi razširilo raznolikost aplikacij, ki jih sistem zdaj podpira.
"V novi dobi bioloških ved naslednje generacije, bi morale tehnologije za določanje zaporedja z višjo proizvodnjo in fleksibilnostjo aplikacije omogočiti raziskovalcem uporabo enega sistema za ustvarjanje pomembnih povezav med variacijami v vrstah in količinah DNK zaporedij in boleznimi," je dejal Shaf Yousaf, predsednik oddelka za molekularne in celične biološke sisteme podjetja Applied Biosystems. "Novi pristopi k preučevanju genetske variacije bodo najbrž temeljito vplivali na farmacevtske razvojne programe, saj raziskovalci preučujejo, kako so posamezni genotipi povezani s tem, kako se ljudje odzovejo na zdravljenja bolezni."
Skoraj vse človeške bolezni imajo genetske temelje. Trenutno se raziskovalci, ki preučujejo kompleksne bolezni, kot so rak, sladkorna bolezen in bolezni srca, zanašajo na referenčna človeška DNK zaporedja iz zelo obsežnih projektov določanja zaporedja v DNK , da bi na splošno povezali genetske variacije s temi boleznimi. Znanstveniki uporabljajo tudi vrsto metod, da bi povezali aktivnost ali nivo izražanja specifičnih genov z lastnostmi bolezni. Čeprav so raziskovalci na področju bioloških ved preučevali genetske variacije in diferencialna izražanja genov s pomočjo vrste tehnologij, bo uporaba SOLiD System najbrž poenostavila identifikacijo, zbiranje in analizo genskih informacij.
Vodilne raziskovalne ustanove širom sveta, med drugimi tudi Hubrecht Institute na Nizozemskem, Univerza Columbia, Univerza Queensland v Avstraliji in Univerza v Tokiu, že uporabljajo SOLiD System za izvajanje širokega spektra aplikacij. Te vključujejo odkrivanje redkih oblik, epigensko profiliranje, analizo transkriptomov in serijsko analizo izražanja genov (serial analysis of gene expression - SAGE)
Odkrivanje redkih različic na Hubrecht Institute
Raziskovalci na Hubrecht Institute na Nizozemskem preučujejo delovanje genov na živalskih vzorcih, kot so C. elegans (črv), navadna cebrica in podgane, da bi razumeli delovanje podobnih genov pri ljudeh.
Da bi odkrili redke in nizkofrekvenčne mutacije, znanstveniki vplivajo na gene teh vzorcev tako, da jim kemično spremenijo DNK, kar zmoti ali "uniči" funkcijo spremenjenih genov. Ekipa nato opazuje, kako se spremeni videz ali vedenje organizma, ko določeni geni ne delujejo. Potem, ko ustvarijo naključne mutacije, raziskovalci uporabljajo SOLiD System, da določijo zaporedja vzorcev DNK iz tisoč različnih živali z do 10.000-kratno pokritostjo genomskih območij, ki jih zanimajo. To jim omogoča identifikacijo specifičnih mutacij, ki so bile vnesene v te genome. Raziskovalci nato povežejo ta različna zaporedja z opazovanimi spremembami organizmov. Ta proces jim pomaga razumeti delovanje genov v teh živalskih vzorcih.
"Naša potreba po odkrivanju nizkofrekvenčnih mutacij zahteva tehnologijo za določanje zaporedja z ultra-visoko proizvodnjo in z izredno nizko stopnjo napak," je dejal dr. Edwin Cuppen, vodja skupine za funkcionalno genomiko in bioinformatiko na Hubrecht Institute. "Dvobazni mehanizem kodiranja SOLiD System, ki razlikuje naključne ali sistematične napake in prave mutacije, nam pomaga povečati stopnjo odkrivanja resničnih mutacij."
Epigensko profiliranje na Univerzi Columbia
Na Univerzi Columbia dr. John Edwards, pridruženi raziskovalni znanstvenik v univerzitetnem genomskem centru, in dr. Timothy Bestor, profesor na oddelku za genetiko in razvoj, uporabljata SOLiD System za primerjanje vzorcev metiliranja celih genomov pri raku na prsih. Metilacija je naravno pojavljajoča se kemična modifikacija DNK. V svojih raziskavah znanstvenika raziskujeta, kako se ti vzorci spreminjajo v zaporedju od normalnega do tumornega tkiva, kako se med tumorji razlikujejo in kakšne vloge bi lahko nenormalni metilacijski vzorci igrali pri karcinogenezi - nastajanju raka.
Po poročanju je metiliranje specifičnih območij DNK zaporedja v genomu deaktiviralo izražanje genov, ki zavirajo raka, medtem ko lahko demetiliranje ponavljajočih se elementov vodi do genomske nestabilnosti in sprememb v izražanju genov. Raziskovalci verjamejo, da metilirana območja DNK lahko potencialno služijo kot zaznamovalci genov, ki igrajo vlogo pri raku.
SOLiD System omogoča raziskovalcem z Univerze Columbia, da karakterizirajo metilacijski status ponavljajočih se elementov v genomu, skupini pa bo omogočil tudi razširitev njihovih študij o raziskovanju metilacijskih vzorcev, ki bi lahko služili kot biozaznamovalci za rak.
"Proizvodnja SOLid System je neznanska, hitro doseže točko, na kateri lahko načrtujemo rutinsko profiliranje metiliranja celih genomov na veliko vzorcih," je dejal dr. Edwards. "Obvladljivost SOLiD System-a nam omogoča samozavestno načrtovanje razširitve naših študij in razvijanje novih aplikacij ter metod analize za epigensko profiliranje, kar nam bo pomagalo bolje razumeti, kakšno vlogo igrajo vzorci metilacije v karcinogenezi. "
Analiziranje transkriptomov na Univerzi Queensland
Na Univerzi Queensland v Avstraliji raziskovalci preučujejo transkriptome, da bi bolje razumeli pomembne celične procese, kot so celična diferenciacija, poškodbe in obnova ledvic ter nastanek in napredovanje tumorjev. Transkriptom je set vseh prepisov informacijske RNK (mRNK), nastalih iz genov in genomskih uravnalnih območij ene celice ali celotne populacije celic.
Ti raziskovalci uporabljajo SOLiD System za analizo transkriptomov, da bi izmerili količine relevantnih različic prepisov mRNK, izraženih v živalskih vzorcih. SOLiD System jim omogoča odkrivanje tako redko izraženih prepisov mRNK, kot tudi redkih variant znanih prepisov.
"Zaradi nenadkriljeno visoke proizvodnje in visoke točnosti podatkov zaporedja, ki jih ustvari SOLiD System, obstaja potencial za določanje zaporedja transkriptoma v njegovi celoti z rabo kratkih bralnih zaporedij," je dejal dr. Sean Grimmond, vodja skupine za genomiko in komputacijo na Institute of Molecular Bioscience. "Razumevanje transkriptoma v biološkem kontekstu nam bo pomagalo razkriti motnje v molekularnih poteh, ki vodijo do kompleksnih bolezni."
Serijska analiza izražanja genov na Univerzi v Tokiu
Raziskovalci na Univerzi v Tokiu preučujejo območja promotorja (spodbujevalca) genoma - stikala, ki prižigajo in ugašajo gene - da bi bolje razumeli, kako vzorci izražanja genov prispevajo k bolezni, uravnalnim mrežam in celični diferenciaciji. Ti znanstveniki uporabljajo SOLiD System za profiliranje točk začetka transkripcije (transcription start site - TSS), saj je za učinkovito analizo območij promotorja pomembno določiti lokacijo TSS.
Ekipa je prilagodila metodo izražanja genov, znano kot SAGE, za uporabo na sistemu, da lahko profilirajo TSS v študiji raka črevesja. SAGE je tehnika izražanja genov, ki so jo razvili pred več kot desetletjem, da bi hitro identificirali razlike med rakavimi in normalnimi celicami na osnovi razlik v vzorcih izražanja genov med dvema tipoma celic. Kasneje so to tehniko prilagodili za uporabo s SOLiD System in jo poimenovali tehnika SOLiD s 5' konca zaradi pomembnosti 5'konca ciljnega gena, kjer so locirane točke začetka prepisa mRNK. Uporaba te tehnike raziskovalcem omogoča zajetje podatkov izražanja genov, ki identificirajo lokacije TSS v različnih genomih. S profiliranjem območij TSS v celičnih linijah črevesnega raka bolje razumejo, kako epigenska zdravila vplivajo na vzorce izražanja genov v teh celičnih linijah.
"Dokler nismo vključili uporabo SOLiD System v naše študije izražanja genov v celičnih linijah pri črevesnem raku, je bilo težko najti gene, ki so kazali izrazita povečanja ali zmanjšanja v stopnjah izražanja," je dejal dr. Shinichi Hashimoto, docent na oddelku za molekularno preventivno medicino na Univerzi v Tokiu. "Z uporabo tehnike SOLiD s 5'konca smo dosegli velik uspeh pri identificiranju sprememb v stopnjah izražanja v genih, celo pri tistih, ki so običajno izraženi na zelo nizkih stopnjah."
SOLiD System postavlja standard za določanje zaporedja v naslednjih generacijah
SOLid System je celovita rešitev genetske analize naslednje generacije, sestavljena iz enote za določanje zaporedja, kemikalij, računalniškega grozda in shranjevanja podatkov. Program je zasnovan na določanju zaporedja z vezavo in odkrivanjem oligonukleotidov. Za razliko od pristopov določanja zaporedja polimeraz, SOLiD System izkorišča lastniško tehnologijo, imenovano vezava po korakih, ki proizvaja visoko kvalitetne podatke za aplikacije, med drugimi tudi za določanje zaporedja celotnih genomov, kromatinsko imunoprecipitacijo (chromatin immunoprecipitation - ChIP), mikrobiološko določanje zaporedja, digitalno kariotipiziranje, medicinsko določanje zaporedja, genotipiziranje, izražanje genov in odkritje malih molekul RNK.
Več lastnosti loči SOLiD System od drugih programov za določanje zaporedja naslednjih generacij, med drugimi so to neprekosljiva proizvodnja, obvladljivost, točnost in fleksibilnost aplikacije. Sistem je mogoče nastaviti, da podpira višjo gostoto zaporedij na "slide through bead enrichment". "Beads" so bistveni del zgradbe SOLiD System formata "open-slide", ki omogočajo sistemu preseči 4 gigabaze podatkov o zaporedju na zagon v razvojnih laboratorijih podjetja Applied Biosystems. Kombinacija formata "open-slide", "bead enrichment" in algoritmov programske opreme omogočajo infrastrukturo za nastavitev še večje proizvodnje brez znatnih sprememb na trenutni strojni ali programski opremi programa.
Osnovna točnost SOLiD System presega 99,94% zaradi dvobaznega kodiranja, mehanizma, ki razlikuje naključne ali sistematične napake od pravih posameznih nukleotidnih polimorfizmov (single nucleotide polymorphisms - SNPs). To predstavlja točnost, ki je petkrat višja od katerih koli doslej objavljenih podatkov o alternativnih programih določanja zaporedja naslednjih generacij.
Visoka točnost programa v kombinaciji z "mate-pair analysis" omogoča odkrivanje variacij zaporedij, vključno s SNP-ji, variacijami števil kopij genov, podvojitvami posameznih baz, inverzijami, vstavljanji in izbrisi. "mate-pair" priprava vzorcev je metoda, ki omogoča izredno točne sklope zaporedij, kar je nujno za analizo kompleksnih genomov, kakršni so genomi človeka, miši in drugih vzorčnih organizmov.
"SOLiD System nadaljuje s tradicijo komercializiranja inovativnih tehnologij za določanje zaporedij DNK podjetja Applied Biosystems," je dejala Kim Caple, podpredsednica in generalna direktorica za določanje zaporedja naslednjih generacij za podjetje Applied Biosystems. "Na osnovi povratnih informacij, ki smo jih prejeli od strank in sodelavcev iz vodilnih svetovnih ustanov, smo prepričani, da smo razvili sistem, ki bo pomagal znanstvenikom ustvariti pomembne povezave med genetskimi variacijami in boleznimi."
Podjetje Applied Biosystems je globalni vodja v razvoju in komercializaciji sistemov na osnovi orodij, potrošnega blaga, programske opreme in storitev za tržišče bioloških ved. Podjetje je vodilno na trgu programov za določanje zaporedij DNK. Poleg sistema SOLiD System za določanje zaporedij DNK naslednje generacije podjetje nudi tudi celotno linijo kemikalij in sistemov na osnovi kapilarne elektroforeze. Danes je v aktivni uporabi več kot 14.000 genetskih analizatorjev podjetja Applied Biosystems, ki so prispevali k določanju zaporedij več kot 450 zaključenih genomov in približno 700 drugih, ki še potekajo. Kapilarna elektroforeza nudi preizkušeno metodo za analizo zaporedij in fragmentov za različne aplikacije. SOLiD System širi meje določanja zaporedij, da omogoči nove aplikacije, kot so obsežno ponovno sekvenciranje, "hypothesis-neutral expression", metiliranje in eksperimente s kromatinsko imunoprecipitacijo. Za nekatere aplikacije bosta oba programa uporabljena na različnih točkah eksperimentalnega procesa.
Te tehnologije podpira ena najbolj obsežnih organizacij za storitve in podporo v industriji bioloških ved z več kot 2000 predanimi delavci širom sveta, specializiranimi za poslovno svetovanje in razvoj protokolov, optimizacijo instrumentov ter integracijo podatkov in aplikacij. Več informacij o SOLiD System je na voljo na naslovu http://solid.appliedbiosystems.com.
O podjetjih Applera Corporation in Applied Biosystems
Applera Corporation sestoji iz dveh poslovnih skupin. Skupina The Applied Biosystems Group služi industriji bioloških ved in raziskovalni skupnosti z razvijanjem in trženjem sistemov na osnovi orodij, potrošnega blaga, programske opreme in storitev. Njene stranke ta orodja uporabljajo za analizo nukleinskih kislin (DNK in RNK), majhnih molekul in beljakovin, da bi prišle do znanstvenih odkritij in razvile nove farmacevtske izdelke. Izdelki podjetja Applied Biosystems ustrezajo tudi potrebam nekaterih tržišč zunaj raziskav na področju bioloških ved, ki jih imenujemo "uporabna tržišča". Ta vključujejo področja testiranja človeške identitete (forenzično testiranje in testiranje očetovstva); biološko varnost, ki se nanaša na izdelke, ki so potrebni v odziv na grožnje biološkega terorizma in drugih zlonamernih, nezgodnih ali naravnih nevarnosti; ter testiranja kvalitete in varnosti, kakršna so testiranja, potrebna pri proizvodnji živil in farmacevtskih izdelkov. Sedež podjetja Applied Biosystems je v Foster Cityju v Kaliforniji, poročajo pa o prodajah v vrednosti približno 2,1 milijarde ameriških dolarjev tekom finančnega leta 2007. The Celera Group je primarno podjetje za molekularno diagnostiko, ki uporablja lastniške programe odkrivanja na področju genomike in proteomike, da identificira in ovrednoti neobičajne diagnostične zaznamovalce, ter razvija diagnostične izdelke na osnovi teh, kot tudi drugih znanih zaznamovalcev. Celera ohranja strateško zvezo s podjetjem Abbot v namene razvoja in komercializacije diagnostičnih izdelkov na osnovi molekul in nukleinskih kislin, prav tako pa razvija nove diagnostične izdelke izven te zveze. Skozi svoja prizadevanja na področju genomskih in proteomskih raziskav Celera odkriva in vrednoti tudi terapevtske cilje, ter išče strateška partnerstva za razvoj terapevtskih izdelkov na osnovi teh odkritih ciljev. Informacije o podjetju Applera Corporation, vključno s poročili in drugimi informacijami, ki jih je podjetje vložilo pri Komisiji za vrednostne papirje, so na voljo na naslovu http://www.applera.com ali na telefonski številki 800.762.6923.
Informacije o podjetju Applied Biosystems so na voljo na naslovu
http://www.appliedbiosystems.com.
Izjave podjetja Applied Biosystems, ki se nanašajo na prihodnost
Nekatere izjave v tem sporočilu za javnost se nanašajo na prihodnost. Prepoznati jih je mogoče po uporabi besed ali fraz, ki se nanašajo na prihodnost, kot so med drugim tudi "morati", "načrtovati" in "pričakovati". Te izjave so zasnovane na trenutnih pričakovanjih podjetja Applera Corporation. Zakon o reformi pravnih postopkov v zvezi z vrednostnimi papirji iz leta 1995 nudi "varen pristan" za tovrstne izjave, ki se nanašajo na prihodnost. Zaradi skladanja s pogoji varnega pristana podjetje Applera Corporaton navaja, da lahko vrsta dejavnikov vpliva na znaten odmik dejanskih rezultatov in izkušenj od pričakovanih rezultatov in pričakovanj, izraženih v tovrstnih izjavah, ki se nanašajo na prihodnost. Ti dejavniki vključujejo, niso pa omejeni na: (1) hitro spreminjajočo se tehnologijo in odvisnost od razvoja in sprejema novih izdelkov s strani kupcev; (2) tveganje nepričakovanih težav, povezanih z nadaljnjim razvojem SOLiD (TM) System; (3) prodaje, odvisne od politike strank glede porabe kapitala in raziskav, ki jih sponzorira vlada; (4) dejstvo, da so izdelki podjetja Applied Biosystems zasnovani na kompleksnih, hitro razvijajočih se tehnologijah, kar je imelo za posledico nekaj pravnih sporov do podjetja Applied Biosystems, ki trenutno potekajo, in kar ustvarja nenehno tveganje tožb, arbitraž, preiskav in drugih pravnih sporov z zasebniki in vladnimi subjekti, še posebno v zvezi s terjatvami zaradi kršenja patentnih pravic in drugih pravic intelektualne lastnine; ter (5) druge dejavnike, ki so lahko občasno opisani v vložkih podjetja Applera Corporation pri Komisiji za vrednostne papirje. Vse informacije v tem sporočilu za javnost vejajo od datuma objave, podjetje Applera pa ne prevzema nobene dolžnosti do posodabljanja teh informacij, vključno z izjavami, ki se nanašajo na prihodnost, razen če to zahteva zakon.
Zgolj za raziskovalno rabo. Ni za uporabo v diagnostičnih postopkih.
(C)Avtorske pravice 2007. Applied Biosystems. Vse pravice pridržane.
Applera, Applied Biosystems, in AB (Design) so registrirane blagovne znamke in SOLiD je blagovna znamka podjetja Applera Corporation ali njegovih podružnic v ZDA in/ali v določenih državah.
VEČPREDSTAVNOSTNA VSEBINA NA VOLJO:
http://www.businesswire.com/cgi-bin/mmg.cgi?eid=5526654
"Veljavna verzija sporocila je izvirno besedilo, ki je napisano v izvirnem jeziku. Prevodi so na voljo le v pomoc in jih je potrebno primerjati z izvirnikom, ki je edina verzija besedila, ki ima lahko pravne posledice".
KONTAKT:
Applied Biosystems
Editorial contact for further information or follow-up:
Tony Hardware, +44 (0) 1494 816062
Communications and Media Relations Manager - Europe
Fax: +44 (0) 1494 815410
ali
kdm communications limited
Sarah Khan, +44 (0) 1234 210555
Fax: +44 (0) 1234 342397